HiSeq 2000具有以下特点：
前所未有的产量——HiSeq 2000能够在单次运行中产生200 Gb的数据，每天能产生25 Gb。该系统使用两个流动槽和一种新颖的双表面成像方法，能够使测序通量及实验灵活性提升到新的水平。
突破性的用户体验——HiSeq 2000具有简化和直观的单个操作员流程，启动运行仅需10分钟的手工操作时间。即插即用试剂，触摸屏界面，以及实时的运程运行监控，让仪器操作更简单。文库制备时96个样品的平行处理显著降低了手工操作时间和整体的费用。
无可比拟的经济操作——研究人员以30倍的覆盖度对两个人类基因组进行测序，每个基因组的费用不到1万美元。HiSeq 2000能以单个或两个流动槽的模式运行，并同时运行需要不同读长的应用。
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