“HiSeq 测序系统既有Illumina和Solexa在边合成边测序上的优势，又融合了新的光学和系统设计。这些创新重新定义了测序的轨迹，将人类基因组的测序费用降至1万美元以下。”
HiSeq1000与Hiseq2000测序系统的相同之处在于两者都采用相同的仪器外观、工作原理、操作流程及数据处理系统；不同之处在于HiSeq1000配有1张flowcell，单次运行能产生300G的数据量，HiSeq2000配有2张flowcell，单次运行能产生600G的数据量。
HiSeq 2000 HiSeq 1000 产量 (2 × 100 bp) 600 Gb 300 Gb 运行时间 ~11 days ~8.5 days 簇生成 cBot cBot 末端配对读取 6 Billion 3 Billion 单个读取 3 Billion 1.5 Billion 读长 2 × 100 bp 2 × 100 bp 质量值 > 85% (2 x 50 bp)
(2 × 100 bp)
> 80% (2 x 100 bp)
Hiseq2000 新一代高通量测序系统特点
1、前所未有的产量——HiSeq 2000能够在单次运行中产生600 Gb的数据，每天产生55 Gb。该系统使用两个流动槽和一种新颖的双表面成像方法，能够使测序通量及实验灵活性提升到新的水平。
2、突破性的用户体验——HiSeq 2000具有简化和直观的单个操作员流程，启动运行仅需10分钟的手工操作时间。即插即用试剂，触摸屏界面，以及实时的运程运行监控，让仪器操作更简单。文库制备时96个样品的平行处理显著降低了手工操作时间和整体的费用。
3、无可比拟的经济操作——研究人员以30倍的覆盖度对两个人类基因组进行测序，每个基因组的费用不到1万美元。HiSeq 2000能以单个或两个流动槽的模式运行，并同时运行需要不同读长的应用。
应用
HiSeq2000强大的功能和超低的试剂成本可带领研究人员达到任何测序目标。包括
1、De Novo重头测序
2、DNA重测序
3、RNA测序：表达谱、转录组测序等
4、MicroRNA发现及分析
5、甲基化测序
6、DNA-蛋白互作研究：ChIP-Seq
7、目的区域捕获
8、外显子测序
